1、提高肥料利用率

菌肥能分解土壤中被固定的磷、钾元素，并把它们释放出来，供作物吸收利用，吸收利用空气中的氮合成“生态氮肥”。

2、改良土壤

菌肥施入土壤中后，不但补充了大量的有机质，增加了土壤的土里结构，菌肥还能在土壤中快速繁殖并能形成活力强大的益生菌群，从根本上改善了土壤及根系周边的生态结构，使得多年使用化肥板结的土壤疏松透气。

3、防治病害

菌肥中有益菌在土壤中快速繁殖，在作物根际土壤微生态系统内形成优势种群，阻止或抑制其他有害菌的生长繁殖和对作物的危害，在繁殖过程中还会产生枯草菌素、多粘菌素、制霉菌素、短杆菌肽等活性物质，这些活性物质对土壤中的致病菌有明显的抑制作用甚至对部分有害病原菌还有杀灭作用，减少了有害微生物的危害机会。

4、调节植株生长

菌肥在土壤中大量繁殖的同时，还会产生一些代谢产物，这些代谢产物，能刺激作物体内产生大量的赤霉酸、生长素、细胞分裂素等植物生长调节剂，调节作物的生长发育。

5、提高产量，改善品质

菌肥在土壤中能分泌多种酶，这些物质能分解土壤中被国定的磷、钾、铁、铜等多种离子并被作物吸收利用，提高了养分利用率，提高作物产量和品质。

菌肥的使用方法

1、育苗使用

在育苗时加入营养土中，不但能促进根系生长，使幼苗更加健壮，还可预防苗期猝倒病、立枯病、根腐病等病害的发生。

2、用于底肥

在作物施底肥时，可把菌肥与有机肥、复合肥等肥料一起使用，不但能提高肥料利用率，还能抑制土壤中的病菌。

3、用于拌种

在作物播种前，现将种子用清水浸种，捞出后，在用菌肥拌种，使种子表面均匀沾满菌肥后，在阴凉通风处稍阴干即可播种。可防止种子感染病害。

4、喷雾使用

可用菌肥过滤也，直接喷洒作物叶面，其活芽孢利用叶面上的营养和水分在叶片上繁殖，迅速占领整个叶片表面，同时分泌具有杀菌作用的活性物，达到有效排斥、抑制和杀灭病菌的作用。防止病菌感染，预防病害的发生。